Tiếng Ai Cập thuộc ngữ hệ Phi-Á.[5] Những đặc điểm của tiếng Ai Cập mà cũng tiêu biểu cho hệ Phi-Á là tính hòa kết, hình thái học phi nối kết, một loạt phụ âm mạnh (emphatic), hệ thống ba nguyên âm /a i u/, hậu tố danh từ giống cái *-at, tiền tố danh từ m-, hậu tố tính từ *-ī và hệ thống phụ tố động từ đặc trưng.[5] Trong các nhánh ngôn ngữ Phi-Á, tiếng Ai Cập cho thấy sự gần gũi nhất với nhóm Semit, và ở mức thấp hơn là nhóm Cush.[6]

Trong tiếng Ai Cập, các phụ âm hữu thanh */d z ð/ trong ngôn ngữ Phi-Á nguyên thủy phát triển thành âm hầu ⟨ꜥ⟩ /ʕ/: ꜥr.t 'cổng' (so sánh với tiếng Hebrew: דלת, délet, 'cửa').[7] Âm */l/ hợp nhất với ⟨n⟩, ⟨r⟩, ⟨ꜣ⟩, và ⟨j⟩ trong phương ngữ mà ngôn ngữ viết dựa trên, nhưng được lưu giữ trong những phương ngữ khác.[7] */k g ḳ/ vòm hóa thành ⟨ṯ j ḏ⟩ trong một số điều hiện và giữ nguyên là ⟨k g q⟩ trong số khác.[7]

Tiếng Ai Cập có nhiều gốc từ đôi âm vị và có thể cả đơn âm vị, trái với các gốc từ tam âm vị thường thấy trong các ngôn ngữ Semit.[8] Về mặt này, tiếng Ai Cập có lẽ nguyên thủy hơn, và các ngôn ngữ Semit nhiều khả năng đã trải qua quá trình chuyển các gốc từ đôi âm vị thành tam âm vị.[8]

Dù tiếng Ai Cập là ngôn ngữ Phi-Á cổ nhất được ghi nhận, đặc điểm hình thái học của nó lại rất khác với những ngôn ngữ Phi-Á khác.[9] Có nhiều nguyên nhân khả thi: thứ nhất là tiếng Ai Cập đã trải qua một quá trình thay đổi nhiều mặt trước khi nó được ghi nhận; thứ hai, việc nghiên cứu ngôn ngữ Phi-Á có lẽ đã quá tập trung vào các ngôn ngữ Semit và do đó bỏ qua các đặc điểm mà tiếng Ai Cập có chung với các nhánh khác; thứ ba, như G. W. Tsereteli đề xuất, ngữ hệ Phi-Á là một nhóm dị phát sinh chứ không phải một nhóm hợp lệ mang chung nguồn gốc.[9]